Z linka który podałeś:
*PCI_E3 slot will run at x2 speed when installing device in the M2_3 slot. You can switch PCI_E3 slot to x4 in the BIOS, but this will disable the M2_3 slot
Czyli PCIE 3 nie obcina M2 1 i 2. Pierwsze dwa są podpięte pod CPU, następne dwa pod chipset.